Партія зареєстрована Міністерством юстиції України 3 вересня 1999 р.
Установчий з'їзд "Організація політичного розвитку - Молодіжна партія України" відбувся 24 квітня 1999 р. затверджені програма і статут; обрано керівництво партії. Головою обрано Юрія Павленко.
У вересні 1999 р. партія увійшла до складу Всеукраїнського об'єднання демократичних сил "Злагода".
7 жовтня 1999 р. партія увійшла до складу блоку політичних партій "Наш вибір - Леонід Кучма".
16 січня 2000 р. відбувся ІІ з'їзд партії. Прийнято рішення про перейменування партії з "Організація політичного розвитку - Молодіжна партія України" на "Молодіжна партія України" (затверджено Міністерством юстиції 7 серпня 2000 р.). Прийнята програма дій партії з підготовки та участі в парламентських виборах 2002 р.
15 жовтня 2001 Молодіжної партією України та лідером блоку "Наша Україна" Віктором Ющенком підписано декларацію про спільну діяльність. Згідно з документом, МПУ стає учасником блоку Ющенка "Наша Україна".
У парламентських виборах 2002 р. партія брала участь у складі виборчого блоку політичних партій "Блок Віктора Ющенка "Наша Україна". За результатами виборів блок набрав 6 млн 108 тис. 88 голосів (23,57%), зайнявши 1 місце серед 33 учасників. Обрано 70 депутатів, серед них 1 член МПУ.
У липні 2007 р. на VI з'їзді головою партії обрано Ганну Федорченко.
У парламентських виборах 2006 р. і дострокових парламентських виборах 2007 р. партія участі не брала.
