Родился 18 апреля 1958 г. в г. Дубна Московской обл. В 1986 г. окончил философский факультет МГУ. Проходил стажировку в Университете Висконсин - Мэдисон в США, преподавал в Высшей школе социальных и политических наук. Кандидат политических наук, профессор факультета политологии МГИМО, дочент кафедрі государственной политики философского факультета МГУ.
Сергей Марков после окончания МГУ преподавал в Дубненском филиале Московского института радиотехники, электроники и автоматики, затем - в МГУ и МГИМО. В то же время работал экспертом и консультантом в различных государственных и частных организациях. 1991-1993 гг. - советник Совета безопасности РФ.
В 1995 г. возглавлял Ассоциацию центров политических исследований. В 1997 г. Сергей Марков был членом правления Российской ассоциации Политических наук, а в 2000 г. - сопредседателем президиума независимой организации «Гражданское общество». С 1997 г. Сергей Марков возглавляет Институт политических исследований. В 1998 г. создал и возглавил международный политологический форум «Форос» (Крым).
В 2000 г. назначен главным редактором иностранной редакции интернет-издания «Страна.Ru», затем стал главным редактором сайта inosmi.ru. В 2001 г. возглавлял оргкомитет Гражданского форума, в 2002 г. - национальный Гражданский совет по международным делам. Также в 2002 г. стал сопредседателем президиума национального Гражданского комитета по взаимодействию с правоохранительными, судебными и законодательными органами. В 2005 г. стал членом Общественной палаты.
В 2007 г. Сергей Марков избран депутатом Госдумы России по списку «Единой России», заместитель главы думского комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций.