Евгений Комиссаров родился в г. Шостка Сумской области.
Окончил Национальный технический университет Украины (Киевский политехнический институт) по специальности "Электронная техника", а также Национальный экономический университет по специальности "Финансовый менеджмент".
С 1997 г. по 2007 г. работал руководителем отдела разработки и внедрения, заместителем директора по развитию рынков ЗАО "Украинская межбанковская валютная биржа". Отвечал за внедрение новых инструментов и проектов, принимал участие в создании бизнес и юридической моделях биржи.
С октября 2007 года по октябрь 2008 года занимал должность заместителя председателя правления ОАО "Киевская международная фондовая биржа", где осуществлял руководство операционной деятельностью, модернизацию аппаратного и программного обеспечения и обеспечил переход на новую торговую систему.
С октября 2008 г. занимает должность заместителя председателя правления ПАО "Украинская биржа". Во время работы на "Украинской бирже" кроме непосредственной зоны своей ответственности, управление IT-департаментом и организация операционной деятельности, Комиссаров принимает участие в разработке бизнес-моделей новых инструментов и рынков, написании правил торгов, создании проектов нормативных документов, занимает должность исполнительного секретаря индексного комитета.