Евгений Прусенко родился 3 ноября 1956 в Горловке, Донецкой обл..
В в 1978 г. Е.Прусенко закончил Горловский филиал Донецкого политехнического института по специальности „автомобильные дороги".
1978 г. - мастер дорожного участка СУ „Запорожьеспецстрой".
1980-1982 гг. - ассистент кафедры строительства и эксплуатации дорог Горловского филиала Донецкого политехнического института.
1982-1985 гг. - аспирант Харьковского автомобильно-дорожного института (ХАДИ).
1985-1987 гг. - младший научный сотрудник, старший научный сотрудник ХАДИ.
1987-1992 гг. - заведующий отраслевой научно-исследовательской лаборатории при ХАДИ.
1992-1997 гг. - доцент кафедры строительства и эксплуатации автомобильных дорог ХАДИ (с 1993 года - ХНАДУ).
1997-2001 гг. - заведующий кафедры строительства и эксплуатации автодорог ХНАДУ.
2001-2005 гг. - начальник управления научно-технической политики Укравтодора. 2005-2006 гг. - директор департамента технического развития дорожного сектора корпорации „Золотые ворота", г. Киев.
2006-2008 гг. - заместитель председателя Укравтодора.
2008-2010 гг. - директор ООО «Дорожный научно-технический центр», г. Киев.
2 июня в 2010 г. Е.Прусенко во второй раз назначен заместителем председателя Укравтодора.
23 апреля 2013 г. назначен главой Укравтодора.