Родился 30 сентября 1955 г. После окончания гимназии «Gimnasio Campestre» переехал в г. Дареме (Северная Каролина, США), где изучал экономику и историю в университете Дьюка (Duke University). Для защиты докторской диссертации он переехал в Париж, где также закончил курс MBA.
В 1986 г. Энрике Пеналоса стал экономическим советником президента Колумбии Вирджилио Барка.
В 1990-1991 г. Энрике Пеналоса работал конгрессменом Колумбийского конгресса, куда был избран без поддержки какой-либо политической силы.
В 1991 и 1994 гг Энрике Пеналоса баллотировался на пост мэра Боготы. Выиграл выборы мэра с третьей попытки - в 1997 г.
1998-2001 гг - мэр Боготы. За этот срок Энрике Пеналоса успел провести земельную реформу, создать новую автобусную транзитную систему TransMilenia, превратить один из главных транспортных путей в публичное пешеходное пространство, построить 300 км велосипедных дорожек и более 1200 парков, построить более 100 детсадов, увеличить количество учащихся в школах на 200 тыс. человек.
В 2000 г. Энрике Пеналоса также основал в Боготе «День без автомобиля», за который получил награду Stockholm Challenge Award.
Энрике Пеналоса - президент института Колумбии экономии и жилья, директор Колумбийской консалтинговой фирмы «Arthur D. Little», председатель совета Нью-Йоркского института политики в области транспорта и развития, член группы экспертов ассоциации «Эра городов» и комитета дизайна города Музея им. Соломона «Р. Гугенхейм» (Нью-Йорк). Работал лектором в университетах и на многих семинарах, касающихся таких тем, как экология и урбанизация, городская политика и транспорт. Помогал правительствам Азии, Африки, Латинской Америки и Северной Америки. Недавно стал лауреатом Гетеборгской премии за устойчивое развитие, широко известной как «Нобелевская премия по охране окружающей среды».
Энрике Пеналоса - автор многочисленных публикаций в газетах и журналах, а также двух книг «Капитализм: Лучший вариант» и «Демократия и капитализм. Вызовы нового века». Также была опубликована книга Ангелы Бекасини с большим интервью под названием «Пеналоса и город 2.600 метров ближе к звездам».