Народився 18 квітня 1958 р. у м. Дубна Московської обл. У 1986 р. закінчив філософський факультет МДУ. Проходив стажування в Університеті Вісконсін - Медісон у США, викладав у Вищій школі соціальних і політичних наук. Кандидат політичних наук, професор факультету політології МДІМВ, дочент кафедрі державної політики філософського факультету МДУ.
Сергій Марков після закінчення МДУ викладав у Дубненський філії Московського інституту радіотехніки, електроніки та автоматики, потім - в МДУ і МДІМВ. У той же час працював експертом і консультантом в різних державних і приватних організаціях. 1991-1993 рр. - радник Ради безпеки РФ.
У 1995 р. очолював Асоціацію центрів політичних досліджень. У 1997 р. Сергій Марков був членом правління Російської асоціації Політичних наук, а в 2000 р. - співголовою президії незалежної організації «Громадянське суспільство». З 1997 р. Сергій Марков очолює Інститут політичних досліджень. У 1998 р. створив і очолив міжнародний політологічний форум «Форос» (Крим).
У 2000 р. призначений головним редактором іноземної редакції інтернет-видання «Страна.Ru», потім став головним редактором сайту inosmi.ru. У 2001 р. очолював оргкомітет Громадянського форуму, у 2002 р. - національну Громадську раду з міжнародних справ. Також у 2002 р. став співголовою президії національного Громадянського комітету з взаємодії з правоохоронними, судовими та законодавчими органами. У 2005 р. став членом Громадської палати.
У 2007 р. Сергій Марков обраний депутатом Держдуми Росії за списком «Єдиної Росії», заступник голови думського комітету у справах громадських об'єднань і релігійних організацій.