Євген Комісаров народився в м. Шостка Сумській області.
Закінчив Національний технічний університет України (Київський політехнічний інститут) за фахом "Електронна техніка", а також Національний економічний університет України за фахом "Фінансовий менеджмент".
З 1997 р. по 2007 р. працював керівником відділу розробки та впровадження, заступником директора з розвитку ринків ЗАТ "Українська міжбанківська валютна біржа". Відповідав за впровадження нових інструментів та проектів, брав участь у створенні бізнес та юридичної моделях біржі.
З жовтня 2007 року по жовтень 2008 року займав посаду заступника голови правління ВАТ "Київська міжнародна фондова біржа", де здійснював керівництво операційною діяльністю, модернізацію апаратного та програмного забезпечення та забезпечив перехід на нову торговельну систему.
З жовтня 2008 р. займає посаду заступника голови правління ПАТ "Українська біржа". Під час роботи на "Українській біржі" крім безпосередньої зони своєї відповідальності, керування IT-департаментом та організація операційної діяльності, Комісаров бере участь в розробці бізнес-моделей нових інструментів і ринків, написанні правил торгів, створенні проектів нормативних документів, займає посаду виконавчого секретаря індексного комітету.