Євген Прусенко народився 3 листопада 1956 у Горлівці, Донецької обл..
У 1978 р. Є.Прусенко закінчив Горлівську філію Донецького політехнічного інституту за спеціальністю „автомобільні дороги".
1978 р. - майстер дорожньої дільниці БУ „Запоріжжяспецбуд".
1980-1982 рр. - асистент кафедри будівництва та експлуатації доріг Горлівської філії Донецького політехнічного інституту.
1982-1985 рр. - аспірант Харківського автомобільно-дорожнього інституту (ХАДІ).
1985-1987 рр. - молодший науковий співробітник, старший науковий співробітник ХАДІ.
1987-1992 рр. - завідувач галузевої науково-дослідної лабораторії при ХАДІ.
1992-1997 рр. - доцент кафедри будівництва та експлуатації автомобільних доріг ХАДІ (з 1993 року - ХНАДУ).
1997-2001 рр. - завідувач кафедри будівництва та експлуатації автодоріг ХНАДУ.
2001-2005 рр. - начальник управління науково-технічної політики Укравтодору. 2005-2006 рр. - директор департаменту технічного розвитку дорожнього сектору корпорації „Золоті ворота", м. Київ.
2006-2008 рр. - заступник голови Укравтодору.
2008-2010 рр. - директор ТОВ Дорожній науково-технічний центр», м. Київ.
2 червня 2010 р. Є.Прусенко вдруге призначений заступником голови Укравтодору.
23 квытня 2013 р. призначений головю Укравтодору.