Народився 30 вересня 1955 р. Після закінчення гімназії «Gimnasio Campestre» переїхав до м. Дареме (Північна Кароліна, США), де вивчав економіку та історію в університеті Дьюка (Duke University). Для захисту докторської дисертації він переїхав до Парижу, де також закінчив курс MBA.
В 1986 р. Енріке Пеналоса став економічним радником Президента Колумбії Вірджіліо Барка.
В 1990-1991 р. Енріке Пеналоса працював конгресменом Колумбійського конгресу, куди був обраний без підтримки жодної політичної сили.
В 1991 та 1994 рр Енріке Пеналоса балотувався на посаду мера Боготи. Виграв вибори мера з третьої спроби - в 1997 р.
1998-2001 рр - мер Боготи. За цей термін Енріке Пеналоса встиг провести земельну реформу, створити нову автобусну транзитну систему TransMilenia, перетворити один з головних транспортних шляхів в публічний пішохідний простір, збудувати 300 км велосипедних доріжок та понад 1200 парків, збудувати понад 100 дитсадків, збільшити кількість учнів у школах на 200 тис. осіб.
В 2000 р. Енріке Пеналоса також заснував в Боготі «День без автомобіля», за який отримав нагороду Stockholm Challenge Award.
Енріке Пеналоса - президент інституту Колумбії економії і житла, директор Колумбійської консалтингової фірми «Arthur D. Little», голова ради Нью-Йоркського інституту політики в області транспорту та розвитку, член групи експертів асоціації «Ера міст» та комітету дизайну міста Музею ім. Соломона «Р. Гугенхейм» (Нью-Йорк). Працював лектором в університетах та на багатьох семінарах, які стосувалися таких тем, як екологія та урбанізація, міська політика і транспорт. Допомагав урядам Азії, Африки, Латинської Америки та Північної Америки. Нещодавно став лауреатом Гетеборзької премії за сталий розвиток, широко відомої як «Нобелівська премія за охорону навколишнього середовища».
Енріке Пеналоса - автор чисельних публікацій в газетах і журналах, а також двох книг «Капіталізм: Кращий варіант» та «Демократія та капіталізм. Виклики нового століття». Також була опублікована книжка Ангели Бекасіні з великим інтерв'ю під назвою «Пеналоса і місто 2.600 метрів ближче до зірок».